花音恢复了人类的身姿后，迎来了第一次的生日——突然，事件发生了。假面骑士Dark Ghost率领3人的假面骑士Dark Necrom出现在小尊他们的面前。在战斗中，小尊、诚、亚伦，然后明里、御成、花音，被吸进七色的光芒的方向里去。他们到达的地方是历史上的伟人们的灵魂被实体化后，所生活在不可思议的村落。但是，假面骑士Dark Ghost是用这个村子的英雄们的灵魂，来收集100个眼魂完成“究极的眼魂”。如果“究极的眼魂”完成的话，所有世界的人都会变成鬼魂。假面骑士Dark Ghost的真实身份居然是亚伦已经去世的大哥·阿尔戈斯。另一方面，诚和长的间失踪的父亲·深海大悟再次相会了。亚伦对阿尔戈斯的计划提出异议。然后，阿尔戈斯俘虏了花音，来要挟诚的帮助自己，大悟不可理解的行动，使诚与之发生激烈的冲突，不久诚假面骑士Specter和大悟假面骑士Zero Specter父子对决！

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

为了帮助居住在眼魔的世界并将其变成美好世界的阿兰，深海诚和妹妹加农一起踏上了眼魔的世界。描写了他们新的故事，诚和阿兰相遇的故事。

《假面骑士Ghost》网络版。从2016年1月15日开始于YouTube频道“东映特摄YouTube Official”配信的特别篇故事作品。共六章，另外最终章最一号&平成篇限定收录于玩具商品《DX假面骑士45幽灵眼魂&传说骑士之魂！DVD套装》附带DVD内。假面骑士Ghost和Specter利用寄宿平成第2期的假面骑士灵魂的特殊的幽灵眼魂变身，与因名为弗雷的谜之少年介入而复活的历代假面骑士宿敌战斗。